За усердное служение в Николо-Угрешском монастыре и Екатерининской пустыни 6 мая 1895 года иеромонах Вассиан был награжден наперсным крестом.
При нем была завершена внутренняя отделка Екатерининского собора, и в 1894 году обновленный храм был освящен угрешским архимандритом Валентином , благочинным общежительных монастырей Московской епархии. Впоследствии собор, как и надвратная церковь, были заново расписаны. В 1896 году была отремонтирована часовня у южных врат монастыря. В 1897 году на попечение строителя в пустынь присылали малолетних преступников на исправление .
Значительные пожертвования на благоустройство пустыни в этот период делал купец Василий Степанович Галушкин. По представлению о. Вассиана в 1895 году он был награжден серебряной медалью на Станиславской ленте для ношения на груди.
6 мая 1899 года о. Вассиан был возведен в сан игумена.
Настоятельствовал в Екатерининской пустыни до своей кончины весной 1902 года.